El Fondo de Origen es un grupo documental formado por bibliotecas procedentes de las comunidades regulares y seculares que se establecieron en Nueva España; representa una de las colecciones más grandes de libro europeo impreso entre los años 1501 y 1859 en América Latina, con aproximadamente 150,000 volúmenes. Estas bibliotecas conventuales pasaron al poder del Estado cuando, el 12 de julio de 1859, se expidió la Ley de Nacionalización de los Bienes Eclesiásticos, que en su artículo 12 señalaba: "Los libros, impresos, manuscritos, pinturas, antigüedades y demás objetos pertenecientes a las comunidades religiosas suprimidas se aplicarán a los museos, bibliotecas y otros establecimientos públicos". De tal manera, las bibliotecas del clero regular, como lo fueron la del Convento Grande de San Francisco de la Ciudad de México, de San Agustín, del Colegio de San Fernando, de La Merced y del orden secular como la Biblioteca Turriana o la Catedral Metropolitana y la Nacional y Pontificia Universidad de México, entre otras, pasaron a formar el primer grupo documental de la Biblioteca Nacional de México.
Los libros del Fondo de Origen se distinguen por sus marcas de fuego, plasmadas sobre el canto; sus exlibris, como señal de pertenencia a alguna de las comunidades religiosas; por el papel hecho de algodón, sus encuadernaciones en pergamino o madera forrada de piel y sus encierres para protegerlos, elementos con los que cuentan algunos de ellos.
Es importante mencionar que varias de estas obras, además de haber pertenecido a alguna de las librerías de regulares y seculares, también formaron parte de las bibliotecas de conocidos eruditos, por ejemplo, el científico Carlos de Sigüenza y Góngora y el bibliógrafo Juan José de Eguiara y Eguren.
Además de las bibliotecas de los exconventos mencionados, la BNM cuenta con obras de las de San Joaquín, San Ángel, San Fernando, Santo Domingo, San Francisco, Del Carmen, San Diego, San Felipe Neri, San Pablo, Porta Coeli y Aránzazu, entre otras, predominando los libros sobre temática teológica, filosófica, derecho civil y canónico.